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脊索動物門（Chordata）為動物界的一個門，現存物種約 81’000餘種，物種多樣性僅次於節肢動物門（超過 750’000種）和軟體動物門（超過 100’000種）。脊索動物門下分頭索動物、被囊動物（昔稱：尾索動物）和脊椎動物三個亞門，已滅絕的古蟲動物有時也被劃為脊索動物的一個亞門。
頭索動物
頭索動物（Cephalochordata）是脊索動物門的一個亞門。頭索動物的脊索延伸到背神經管的前方。頭索動物的咽鰓裂眾多，物種缺少獨立的呼吸系統以及專門的感知器官。
頭索動物一般稱為文昌魚，又稱：狹心綱及文昌魚綱。因無真正的頭部，又稱：無頭類（Acrania），如：文昌魚科的白氏文昌魚（Branchiostoma belcheri）。
文昌魚
https://youtu.be/GbBcqQKfhFI （2021/02/04）
§ 夜間活動的文昌魚
https://youtu.be/e5I_SHaCMe8 （2020/08/27）
文昌魚（Branchiostoma lanceolatum）為頭索動物亞門（唯一綱）·頭索綱（唯一目）·文昌魚目（2科）·文昌魚科（Branchiostomidae）·文昌魚屬（Branchiostoma｜英文名：Lancelet｜約 11種）的一種沒有脊椎骨也無腦，介於無脊椎動物和脊椎動物之間的過渡型動物，不屬於魚類的物種。文昌魚身體半透明，體長 3～5公分，外表看起來像魚類，壽命約 32個月，是生物演化研究中的模式細胞生物，牠揭示了現存脊椎動物的起源。文昌魚廣泛分佈於低、中緯度各大洋海域，僅大量出現在有機質含量較低的中砂、粗中砂的近海岸淺水區。
嗅球類
嗅球類（Olfactores）下屬包含了兩個亞門。物種佔了絕大多數屬於脊索動物門的生物。
被囊動物
被囊動物亞門（Tunicata），舊稱：尾索動物亞門（Urochordata），是脊索動物門的一個亞門。本綱動物脊索和背神經管僅存於幼體尾部，成體退化消失。身體表面披有一層棕褐色植物性纖維質的囊包，裡面再有一層外套膜包裹。全部是海洋動物。常見種類有各種海鞘和住囊蟲，營自由生活或固著生活。有些種類有世代交替現象。
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- 海鞘綱（Ascidiacea） ：
- 樽海鞘綱（Thaliacea）：
- 尾海鞘綱（Appendicularia）：
