微生物（microorganism）具細胞結構，難以用肉眼直接看到的微小生物總稱，涵蓋：
分類: 生態寶庫
黴菌
黴菌（mold、mould、mildew）不是分類學名詞，是「菌絲體發達、不產生大型肉質子實體的絲狀真菌（filamentous fungus）」的俗稱。
黴菌的菌絲（hypha）呈長管、分枝狀，無橫隔壁，具多個細胞核，並會聚成菌絲體（mycelium）。黴菌常用孢子的顏色來稱呼，如：黑黴菌、紅黴菌或青黴菌。黴菌的繁殖方式包括：無性生殖、有性生殖和特別方式。
- 人類所發現最早在第二次世界大戰期間所研發出的抗生素－即為盤尼西林，就是由青黴菌所製造。
- 有些黴菌也被刻意培殖來用於食物的生產，例如：藍起司是歐洲人經由發酵後再加入青黴菌所製成的；醬油、豆瓣醬、豆豉和味噌等需要米麴菌發酵；紅糟、豆腐乳和紅露酒等則是由紅麴菌所發酵製造；發酵臭豆腐的臭滷水也含有多種菌種。
真菌界擁有 8個亞界與 3種生態：
黑黴菌
黑黴菌（Meliolales｜小煤炭菌目）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·糞殼菌綱（14目）·小煤炭菌目（Meliolales）·小煤炭菌科（Meliolaceae｜唯一科）·小煤炭菌屬（Meliola｜小煤炱屬）的一種真菌，如：山茶生小煤炱…等數百種。
青黴菌
青黴菌屬（Penicillium）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·毛刷囊菌科已紀錄 9屬中的一屬。青黴屬（Penicillium）物種呈筆狀的筆狀體（penicillus）構造，尖端上帶有孢子。青黴菌的孢子肉眼可見的顏色為藍綠色，也有白色或者綠色，如：產黃青黴菌（Penicillium chrysogenum）、義大利青黴（Penicillium italicum）…等數百種。冬季和春季是青黴菌的生長巔峰期。
弗萊明（Sir Alexander Fleming｜1881/08/06～1955/03/11）於 1928年在實驗室中發現特異青黴菌（Penicillium Notatum）具有殺菌作用。
1938年由牛津大學領導團隊提煉出青黴素（penicillin），從而改變了人類與傳染病之間生死搏鬥的歷史。青黴素是人類最早發現的抗生素（antibiotic）。
·†·）對於青黴素過敏的個體，使用紅黴素（erythromycin）通常屬於安全的。
紅麴菌
紅麴菌（Monascus purpureus）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·紅麴科·紅麴菌屬（Monascus）的一種紅色黴菌，中國古稱：丹麴。丹麴是一種將紅麴菌接種在蒸熟的大米上，經發酵加工的米，可用於發酵、防腐、食物上色…等功能，又稱：紅麴米。紅麴米是一種天然的食品添加劑，可用來製作紅麴酒和紅糟。
紅麴菌適當生長的溫度為 25℃~40℃，生長最快速、色素最多的溫度為 35℃~37℃。桔黴素（Citrinin）是紅麴菌產生真菌毒素，於 1995年被法國Dr. Blanc證實可引起實驗動物的腎臟腫大、尿量增多，腎小管擴張和上皮細胞變性壞死等症狀。不過桔黴素的生成與否、含量有關為紅麴菌種、培養條件、精製工藝…等因素。
黃麴黴
黃麴黴（Aspergillus flavus）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·麯菌科·麴黴屬（Aspergillus）的一種腐生真菌。在自然環境中，人類常見的麴黴病約有 15%由黃麴黴引起，有時候也會引起角膜、耳與鼻、眼框的感染。
米麴菌
米麴菌（Aspergillus oryzae）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·麯菌科·麴黴屬（Aspergillus）的一種帶有菌絲（hypha）的真菌與黴菌，又稱：米麴霉、麴黴菌或麯黴菌；日文：麹菌。日本將米麴菌認定為日本的「國菌」。
目前認為米麴菌應屬於黃麴黴（Aspergillus flavus）的一個亞群。 米麴菌經常被用來發酵·大豆用來製作醬油、味噌與甜麵醬。米麴菌也被用於糖化（saccharify）稻米、馬鈴薯、麥…等糧食用來發酵以製作米醋（rice vinegars）與酒類，如：黃酒、日本酒（清酒、泡盛與燒酎）…等。
雙核亞界
雙核亞界（Dikarya）是真菌界 8個亞界中的一個亞界，擁有：子囊菌門和擔子菌門，兩個門一般都有雙核體（dikaryon），可能為菌絲或單細胞生物，但都不具有鞭毛（flagellum）。
子囊菌門真菌的子實體（sporocarp、fruiting body）稱為：子囊果；擔子菌門真菌的子實體（sporocarp、fruiting body）稱為：擔子果。
子實層（hymenium）為子實體的最外層組織，部分細胞可發育成擔子或子囊，並產生有性孢子。
·†·）根腫黑粉菌門（Entorrhizomycota）已併入擔子菌門·黑粉菌亞門。根腫黑粉菌門僅擁有唯一屬：根腫黑粉菌屬（Entorrhiza）約 18種。
腹菌
腹菌（Gasteroid fungi）是擔子菌門中多種真菌的通稱，泛指擔孢子產生位置在擔子果內部，而非擔子果表面的類群。這些類群包括馬勃（如：網狀馬勃）、地星、鳥巢菌、鬼筆（如：章魚鬼筆）與假松露…等，過去曾歸屬於腹菌綱（Gasteromycetes）或腹菌目（Gasteromycetales），但分子序列分析顯示這些類群在演化上並無關聯，現在腹菌只作為一個非正式的通稱使用。2011年，一篇研究估計有 8.4%的傘菌屬於腹菌。過去的腹菌腹菌鋼·鸟巢菌目（Nidulariales）擁有 2科：
傘菌目·腹菌科（Hymenogastraceae）擁有 22屬（如：層腹菌屬｜Hymenogaster）。
子囊菌門
子囊菌門 （Ascomycota）超過 64,000種，為真菌界·種群最多的一個門，擁有 3亞門，成員的共同特徵是有性生殖的孢子（spore）具有一個保護囊：子囊（ascus）。子囊有永久的子囊（persistant asci）與縱即逝的子囊（evanescent asci） 2種。稍縱即逝的子囊往往在標本準備過程中消失，以致很難觀察到。
【main】
酵母亞門
酵母、
酵母菌亞門（Saccharomycotina）為真菌界·子囊菌門的一個亞門，又稱：酵母亞門，擁有唯一綱：酵母菌綱 （Saccharomycetes）唯一目：酵母菌目（Saccharomycetales）。
酵母菌亞門的菌種是子囊菌門中最低級的，只有單細胞，有明顯的細胞壁和細胞核，通常單生，有時數個細胞連成串，形成擬菌絲，以出芽的方式繁殖，芽脫落後就形成新個體，沒有子囊果。
酵母菌目
酵母菌目（Saccharomycetales）為真菌界·子囊菌門·酵母菌亞門·酵母菌綱的一個目，已紀錄 13個科 56屬 1’500物種均來自單一譜系，有以分解其他物質為食，涵蓋：枯死及腐爛的木材、樹葉、垃圾和其它有機物質。酵母和許多基礎工業與生物技術製程有關，包括：烘焙、製酒及重組蛋白質。
酵母菌目擁有 13科：
- 漿霉科（Ascoideaceae）：
- Cephaloascaceae：
- 德巴利酵母菌科（Debaryomycetaceae）：
- 雙足囊菌科（Dipodascaceae）：
- Endomycetaceae：
- Lipomycetaceae：
- Metschnikowiaceae：
- Phaffomycetaceae：
- 畢赤酵母科（Pichaceae）：
- 酵母菌科（Saccharomycetaceae）：
酵母、 - 復膜孢酵母科（Saccharomycopsidaceae）：
- 毛紅麴黴科（Trichomonascaceae）：
- 威克漢姆酵母科（Wickerhamomycetaceae）：
酵母菌科
酵母、
酵母菌科（Saccharomycetaceae）為真菌界·子囊菌門·酵母菌亞門·酵母菌綱·酵母菌目的一個科，為單細胞生物，呈球形、類球型、卵型和長型，以出芽生殖的無性繁殖生殖，也有個別透過分裂生殖。酵母菌科物種的細胞壁通常含有幾丁質；少數種可以形成芽菌絲體或真菌絲體。
酵母菌科擁有：
酒香酵母屬（Brettanomyces）、念珠菌屬（Candida）、德巴利酵母屬（Debaryomyces）、克魯維酵母屬（Kluyveromyces）、畢赤酵母屬（Pichia）、酵母屬（Saccharomyces）、有孢圓酵母屬（Torulaspora）、接合酵母屬（Zygosaccharomyces）、接合有孢酵母屬（Zygotorulaspora）…等，23屬。
酵母屬
酵母、
酵母屬（Saccharomyces）為真菌界·子囊菌門·酵母菌亞門·酵母菌綱·酵母菌目·酵母菌科的一個屬，物種擁有：貝酵母（Saccharomyces bayanus｜釀酒）、布拉酵母（Saccharomyces boulardii｜製藥）、釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）、奇異酵母（Saccharomyces paradoxus）、巴氏酵母（Saccharomyces pastorianus）、葡萄汁酵母（Saccharomyces uvarum｜釀酒）…等，35種。
酵母
酵母（Yeast）是真核生物域·真菌界之下的一個非分類學術語，泛指能發酵糖類的各種單細胞微生物，涵蓋：子囊菌（多數）、擔子菌（少數）…等幾科單細胞真菌的通稱。不同的酵母菌在進化和分類地位上有異源性；而酵母菌種類很多，已知的約有 56屬 1’500多種。一些酵母菌能夠通過出芽的方式進行無性生殖，也可以通過形成孢子的形式進行有性生殖。
酵母經常被用於酒精釀造或者麵包烘培行業，大部分被分類到子囊菌門。酵母菌屬兼性厭氧菌。
- 布拉酵母菌（Saccharomyces boulardii）為酵母菌科·酵母屬（Saccharomyces）的一種益生菌（益生酵母菌），可以防止甚至治療一些細菌導致的腹瀉和感染性腸炎。
- 釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces sereviciae）為酵母菌科·酵母屬（Saccharomyces）的一種酵母，又稱：麵包酵母、啤酒酵母、出芽酵母、芽殖酵母，傳統上應用於製作麵包和饅頭食品及釀酒。釀酒酵母繁殖的方法爲出芽生殖，一般不被認為是條件致病菌，但是也有少量的報告顯示具有致病的能力。
- 白色念珠菌（Candida albicans）為酵母菌科·念珠菌屬（Candida）一種屬於真菌感染的條件致病菌，特別對免疫力低下的病人造成感染，引起鵝口瘡以及尿道炎…等感染疾病。
藍菌門
藍菌門（Cyanophyta）為細菌域·格蘭氏陰性菌（Gram-negative bacteria）的一類族群，又稱：藍菌（學名：Cyanobacteriota，英語：cyanobacteria）、藍細菌、藍綠菌。藍菌舊稱：藍藻（blue algae）或藍綠藻（blue-green algae），擁有：藍藻綱。藍菌門物種（如：藍藻）能透過產氧光合作用將光能轉化為化學能並生產有機物（如：碳水化合物）的自營生物，不過有一些也退化，失去了光合能力只依賴異營獲取生存所需的能量。
藍藻綱
- 色球藻目（Chroococcales）：
- 擬甲色球藻目（Chroococcidiopsidales）：
- 束鞘藻目（Coleofasciculales）：
- 沙絲藻目（Desertifilales）：
- 蓋絲藻目（Geitlerinematales）：
- 戈芒藻目（Gomontiellales）：
- 細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）：
- 節線藻目（Nodosilineales）：
- 念珠藻目（Nostocales）：
- 顫藻目（Oscillatoriales）：
- 泥線菌目（Pelonematales）：
- 寬球藻目（Pleurocapsales）：
- 原綠絲藍藻目（Prochlorotrichales）：
- 假魚腥藻目 （Pseudanabaenales）：
- 螺旋藻目（Spirulinales）：
- 聚球藻菌目（Synechococcales）：
色球藻目
色球藻目（Chroococcales）是藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，物種為有害微生物銅綠微囊藻。這種藻類會出現於使水質惡化時，如：水中懸浮物高居不下、溫度上升、氧氣不足、氨氮濃度升高…等因素。
色球藻目超過 8個科 35屬 250種，絕大多數為淡水產物。
擬甲色球藻目
擬甲色球藻目（Chroococcidiopsidales）是藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，唯一科：擬甲色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）有 8個物種，如：擬甲色球藻 Chroococcidiopsis Geitler…等。
束鞘藻目
束鞘藻目（Coleofasciculales）是藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有束鞘藻科，如：束鞘藻屬（Coleofasciculus）、蓋絲藻屬（Geitlerinema）…16屬，超過 39 種。
沙絲藻目
沙絲藻目（Desertifilales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有沙絲藻屬（Desertifilum）…等，5屬 5種。
蓋絲藻目
蓋絲藻目（Geitlerinematales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，僅有蓋絲藻科·蓋絲藻屬（ Geitlerinema）約 37種，模式種為 Geitlerinema splendidum。
戈芒藻目
戈芒藻目（Gomontiellales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有管孢藻科（8屬）、藍藻科（1屬 14種）、戈芒藻科（7屬 28種）、Konicacronemataceae…等，4科
細鞘絲藻目
細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有細鞘絲藻科（超過 25屬）、新聚球藻菌科（1屬 1種）、Trichocoleaceae…3科。模式屬為細鞘絲藻屬（Leptolyngbya）；模式種為 Leptolyngbya boryana。
節線藻目
節線藻目（Nodosilineales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有 Cymatolegaceae（23屬）、節線藻科（瘦鞘絲藻屬…等，11屬，超過 50種）…2科。
念珠藻目
念珠藻目（Nostocales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有束絲藻科、眉藻科、蒴鏈藻科、團毛黏菌科、軟管藻科、節球藻科、念珠藻科、膠鬚藻科、偽枝藻科、真枝藻科、膠聚線藻科、單歧藻科等…15科。 參考物種：水華魚腥藻（Anabaena flos-aquae）。
顫藻目
顫藻目（Oscillatoriales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有博氏藻科（5屬，超過 25種）、束鞘藻科（16屬，超過 33種）、藍藻科（1屬 14種）、戈芒藻科（7屬 13種）、鬚藻科（4屬，超過 50種）、微鞘藻科（35屬）、顫藻科（47屬）、席藻科（膠鞘藻屬…等 11屬）、偽魚腥藻科（27屬 ）、裂鬚藻科（裂鬚藻屬…等 5屬 種）…等，超過 12科。
泥線菌目
泥線菌目（Pelonematales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，僅有泥線菌科，5屬 19種。
寬球藻目
寬球藻目（Pleurocapsales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有水球藻科（11屬 14種）、寬球藻科、異球藻科…3科。
原綠絲藍藻目
原綠絲藍藻目（Prochlorotrichales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目。
假魚腥藻目
假魚腥藻目 （Pseudanabaenales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，唯一科假魚腥藻科 （Pseudanabaenaceae）涵蓋超過 10屬，模式屬：偽魚腥藻屬（Pseudanabaena）。
螺旋藻目
螺旋藻目（Spirulinales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，原本只有螺旋藻科（Spirulinaceae）一個科，擁有：螺旋藻屬 （Spirulina）…4屬；螺旋藻屬：大螺旋藻 （Spirulina major）…37種。
聚球藻菌目
聚球藻菌目（Synechococcales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，涵蓋超過 7科；模式屬：聚球藻菌屬（Synechococcus）。
- 管孢藻科 （Chamaesiphonaceae）：
- 基附異萊包藻科 （Heteroleibleiniaceae）：
- 細鞘絲藻科 （Leptolyngbyaceae）：
- 平裂藻科 （Merismopediaceae）：
- 偽魚腥藻科 （Pseudanabaenaceae）：
- 裂須藻科 （Schizotrichaceae）：
- 聚球藻菌科 （Synechococcaceae）：
真核域
真核域（Eukarya）為三域系統（three-domain system）的一個域，擁有所有真核生物（英語：eukaryote）物種。物種的細胞具有細胞核的單細胞和多細胞生物，涵蓋所有動物、植物、真菌和其它擁有由生物膜包裹著的細胞器和複雜亞細胞結構的原生生物。
真核域擁有真核生物也涵蓋原生生物，具有細胞核、細胞質（細胞器、胞質溶膠和各種細胞質內含物）；細胞器具多種膜結構包裹的內膜系統。
- 真核生物（英語：eukaryote），如：動物界、植物界、真菌界；
- 原生生物（英語：protoctist）是不屬於動物界、植物界與真菌界的所有生物，如：藻類（泛植物）、原核生物（如：細菌、放線菌、古細菌、螺旋體、衣原體、支原體、立克次氏體和藍細菌…等光合性細菌）與原生動物。
原核生物
原核生物（英文：prokaryote）通常由單一原核細胞形成的生物。相對於真核細胞，原核細胞一般沒有細胞內膜、沒有核膜包裹的成型細胞核，細胞內無染色體，DNA鏈未螺旋化，並以游離的形式存在於細胞質中，細胞質內也無任何有膜的細胞器（如：粒線體或葉綠體）。
原生動物界
原生動物界（Protozoa）是真核域的一個多系群，屬於原生生物當中較接近動物，大多由單細胞所構成，少數是多細胞，又稱：原蟲（英語：protozoan、protozoon）。原生動物（原蟲）大多數是自由生活的食菌生物，有少數生活在其它生物體內營寄生或共生生活，如：眼蟲介於植物和動物之間，能進行光合作用。常見的原生動物：阿米巴原蟲、草履蟲、籃氏賈第鞭毛蟲…等。
古菌域
古菌域（Archaea）為原核生物，不具有細胞核，如：細菌域。