放線菌門（Actinomycetota）為細菌域演化支（革蘭氏陽性菌），曾被認定是陸地上的土壤菌（腐生菌），之後發現棲息於淡水中的種類可能比陸地上的更豐富。放線菌（Actinomycetota，舊名：Actinobacteria）沒有核膜，和其它細菌一樣，細胞壁由肽聚糖組成。放線菌門是重要的細菌域之一門，擁有最大的屬：鏈黴菌屬（Streptomyces）。放線菌最重要的作用是可以提煉抗生素（antibiotic），目前已經發現超過 2’000種抗生素，其中約 56%是鏈黴菌屬的放線菌產生的，如：鏈黴素、土黴素、四環素、慶大黴素…等。
分類: 生態寶庫
芽孢桿菌門
芽孢桿菌門（Bacillota）為細菌域演化支（革蘭氏陽性菌）的一門，舊稱：厚壁菌門（Firmicutes），多數物種為芽孢桿菌綱（Bacilli）、梭菌綱（Clostridia）、丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）；少數物種為柔膜菌綱（Mollicutes），如：支原體。芽孢桿菌門物種和革蘭氏陽性菌一樣缺乏細胞壁、第二層細胞膜，不能被革蘭氏方法染色。
芽孢桿菌綱
芽孢桿菌綱（Bacilli）為細菌域的演化支（大地菌｜Terrabacteria）芽孢桿菌門的一綱，擁有：核衣細菌目（Caryophanales）、丹毒絲菌目（Erysipelotrichales） 、乳桿菌目（Lactobacillales）3目。
- 核衣細菌目（Caryophanales）
- 脂環酸桿菌科 （Alicyclobacillaceae）：
- 芽孢桿菌科 （Bacillaceae）：
芽孢桿菌屬（Bacillus） - 核衣細菌科 （Caryophanaceae｜動球菌科/Planococcaceae）：
- 脫硫芽胞桿菌科 （Desulfuribacillaceae）：
- 李斯特菌科 （Listeriaceae）：
李斯特氏菌屬（Listeria） - 類芽孢桿菌科 （Paenibacillaceae）：
- 巴斯德氏芽菌科 （Pasteuriaceae）：
- 芽孢乳桿菌科 （Sporolactobacillaceae）：
- 葡萄球菌科 （Staphylococcaceae）：
葡萄球菌屬（Staphylococcus） - 熱放線菌科 （Thermoactinomycetaceae）：
- 乳桿菌目（Lactobacillales）
- 丹毒絲菌目 （Erysipelotrichales）
梭菌綱
梭菌綱（Clostridia）為細菌域的演化支（大地菌｜Terrabacteria）芽孢桿菌門的一綱，擁有 6目。
- 梭菌目 （Clostridiales）
- 真細菌目 （Eubacteriales）
- 鹽厭氧菌目 （Halanaerobiales）
- 厭氧原體目 （Natranaerobiales）
- 熱厭氧桿菌目 （Thermosediminibacterales）
- 泰氏菌目 （Tissierellales）
柔膜菌綱
柔膜菌綱（Mollicutes）為細菌域的演化支（大地菌｜Terrabacteria）芽孢桿菌門的一綱，擁有 4目。
- 無膽甾原體目 （Acholeplasmatales）：
- 厭氧原體目 （Anaeroplasmatales）：
- 蟲原體目 （Entomoplasmatales）：
- 支原體目 （Mycoplasmatales）：
微生物
黴菌
黴菌（mold、mould、mildew）不是分類學名詞，是「菌絲體發達、不產生大型肉質子實體的絲狀真菌（filamentous fungus）」的俗稱。
黴菌的菌絲（hypha）呈長管、分枝狀，無橫隔壁，具多個細胞核，並會聚成菌絲體（mycelium）。黴菌常用孢子的顏色來稱呼，如：黑黴菌、紅黴菌或青黴菌。黴菌的繁殖方式包括：無性生殖、有性生殖和特別方式。
- 人類所發現最早在第二次世界大戰期間所研發出的抗生素－即為盤尼西林，就是由青黴菌所製造。
- 有些黴菌也被刻意培殖來用於食物的生產，例如：藍起司是歐洲人經由發酵後再加入青黴菌所製成的；醬油、豆瓣醬、豆豉和味噌等需要米麴菌發酵；紅糟、豆腐乳和紅露酒等則是由紅麴菌所發酵製造；發酵臭豆腐的臭滷水也含有多種菌種。
真菌界擁有 8個亞界與 3種生態：
黑黴菌
黑黴菌（Meliolales｜小煤炭菌目）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·糞殼菌綱（14目）·小煤炭菌目（Meliolales）·小煤炭菌科（Meliolaceae｜唯一科）·小煤炭菌屬（Meliola｜小煤炱屬）的一種真菌，如：山茶生小煤炱…等數百種。
青黴菌
青黴菌屬（Penicillium）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·毛刷囊菌科已紀錄 9屬中的一屬。青黴屬（Penicillium）物種呈筆狀的筆狀體（penicillus）構造，尖端上帶有孢子。青黴菌的孢子肉眼可見的顏色為藍綠色，也有白色或者綠色，如：產黃青黴菌（Penicillium chrysogenum）、義大利青黴（Penicillium italicum）…等數百種。冬季和春季是青黴菌的生長巔峰期。
弗萊明（Sir Alexander Fleming｜1881/08/06～1955/03/11）於 1928年在實驗室中發現特異青黴菌（Penicillium Notatum）具有殺菌作用。
1938年由牛津大學領導團隊提煉出青黴素（penicillin），從而改變了人類與傳染病之間生死搏鬥的歷史。青黴素是人類最早發現的抗生素（antibiotic）。
·†·）對於青黴素過敏的個體，使用紅黴素（erythromycin）通常屬於安全的。
紅麴菌
紅麴菌（Monascus purpureus）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·紅麴科·紅麴菌屬（Monascus）的一種紅色黴菌，中國古稱：丹麴。丹麴是一種將紅麴菌接種在蒸熟的大米上，經發酵加工的米，可用於發酵、防腐、食物上色…等功能，又稱：紅麴米。紅麴米是一種天然的食品添加劑，可用來製作紅麴酒和紅糟。
紅麴菌適當生長的溫度為 25℃~40℃，生長最快速、色素最多的溫度為 35℃~37℃。桔黴素（Citrinin）是紅麴菌產生真菌毒素，於 1995年被法國Dr. Blanc證實可引起實驗動物的腎臟腫大、尿量增多，腎小管擴張和上皮細胞變性壞死等症狀。不過桔黴素的生成與否、含量有關為紅麴菌種、培養條件、精製工藝…等因素。
黃麴黴
黃麴黴（Aspergillus flavus）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·麯菌科·麴黴屬（Aspergillus）的一種腐生真菌。在自然環境中，人類常見的麴黴病約有 15%由黃麴黴引起，有時候也會引起角膜、耳與鼻、眼框的感染。
米麴菌
米麴菌（Aspergillus oryzae）為真菌界·子囊菌門·盤菌亞門·散囊菌綱·散囊菌目·麯菌科·麴黴屬（Aspergillus）的一種帶有菌絲（hypha）的真菌與黴菌，又稱：米麴霉、麴黴菌或麯黴菌；日文：麹菌。日本將米麴菌認定為日本的「國菌」。
目前認為米麴菌應屬於黃麴黴（Aspergillus flavus）的一個亞群。 米麴菌經常被用來發酵·大豆用來製作醬油、味噌與甜麵醬。米麴菌也被用於糖化（saccharify）稻米、馬鈴薯、麥…等糧食用來發酵以製作米醋（rice vinegars）與酒類，如：黃酒、日本酒（清酒、泡盛與燒酎）…等。
雙核亞界
雙核亞界（Dikarya）是真菌界 8個亞界中的一個亞界，擁有：子囊菌門和擔子菌門，兩個門一般都有雙核體（dikaryon），可能為菌絲或單細胞生物，但都不具有鞭毛（flagellum）。
子囊菌門真菌的子實體（sporocarp、fruiting body）稱為：子囊果；擔子菌門真菌的子實體（sporocarp、fruiting body）稱為：擔子果。
子實層（hymenium）為子實體的最外層組織，部分細胞可發育成擔子或子囊，並產生有性孢子。
擔子菌門
- 傘菌亞門 （Agaricomycotina）：
- 柄鏽菌亞門 （Pucciniomycotina）：
- 黑粉菌亞門 （Ustilaginomycotina）：
- 節擔菌綱 （Wallemiomycetes）：
擔子菌門（Basidiomycota）為雙核亞界的一門，超過 20’000種，涵蓋：蘑菇、木耳、馬勃，鬼筆屬（Phallus），支架真菌…等主要食用菌，和人體致病酵母隱球菌屬·種群。
子囊菌門
子囊菌門 （Ascomycota）超過 64,000種，為真菌界·種群最多的一個門，擁有 3亞門，成員的共同特徵是有性生殖的孢子（spore）具有一個保護囊：子囊（ascus）。子囊有永久的子囊（persistant asci）與縱即逝的子囊（evanescent asci） 2種。稍縱即逝的子囊往往在標本準備過程中消失，以致很難觀察到。
【main】
酵母亞門
酵母、
酵母亞門（Saccharomycotina）為真菌界·子囊菌門的一個亞門，擁有唯一綱：酵母菌綱 （Saccharomycetes）唯一目：酵母菌目（Saccharomycetales）。
酵母菌（yeasts）為酵母菌目（13個科 56屬 1’500多種）物種，只有單生細胞，具明顯的細胞壁和細胞核；有時數個細胞連成串，形成擬菌絲，以出芽的方式繁殖，芽脫落後就形成新個體，沒有子囊果，簡稱：酵母。
酵母已紀錄超過 1’500物種均來自單一譜系，有以分解其他物質為食，包括：有枯死及腐爛的木材、樹葉、垃圾和其它有機物質。酵母和許多基礎工業與生物技術製程有關，包括：烘焙、製酒及重組蛋白質。