脊椎動物亞門（Vertebrata）為脊索動物門（Chordata）·嗅球類（Olfactores）的一個亞門，又稱：有頭動物（Craniata），現存 73’500餘種。
脊椎動物亞門涵蓋：無頜總綱（Agnatha）並系群，現存 100餘種與有頜下門（Gnathostomata）。有頜類動物現存約 60’000種，占脊椎動物現生種類的 99.8%。
特徵
脊椎動物亞門的成員擁有：
無頜總綱
無頜總綱（Agnatha）是脊椎動物下的一個總綱。無頜總綱的物種不具成對肢體與上頜、下頜的原始脊椎動物，生活於淡水和海水中，有些種類會迴游。目前的分類尚有爭議，未滅絕的主要有：圓口綱與有頜類（Gnathostomata｜又稱：有頜總綱、有顎類、頜口類）。
僅存圓口綱物種，如：如：七鰓鰻、六鰓黏盲鰻…等；
有頜下門
有頜下門（Gnathostomata）是脊椎動物的主要演化支，源自 450’000’000年前無頜總綱（Agnatha）中的第一對鰓弓演化為上頜、下頜的魚類，原稱：有頜總綱，又稱：有顎類、頜口類。
有頜下門物種的上頜、下頜的出現，攝食能力大幅增強，也因為口腔的形成使得前腦得到了進一步演化發展的空間並最終形成了端腦，生存競爭能力也隨之提高，成就了脊椎動物的主幹類群。現存有頜類動物約 60’000種，占脊椎動物現生種類的 99.8%。
分類
脊椎動物亞門的動物的脊椎都包在骨頭裡面，是脊索動物門中最大和最多樣化的亞門。脊索動物門先後經過頭索動物和尾索動物，最後出現脊椎和頭部。脊椎動物包括魚類、兩棲動物、爬行動物、鳥類和哺乳動物等五大類。目前所知最早的脊椎動物是中國雲南省昆明發現的†豐嬌昆明魚，距今約 520’000’000年前。
脊索動物門
- 頭索動物亞門
- 被囊動物亞門（尾索動物）
脊索動物門（Chordata）是動物界中生態位處於最頂端的一門，此類動物具有脊索，或在演化過程中退化而被脊椎取代。脊索動物現存約 66’000種，為動物界第三大門，物種多樣性僅次於節肢動物門和軟體動物門。現分為頭索動物、被囊動物（舊稱尾索動物）、脊椎動物和古蟲動物（已滅絕）4個亞門，其中以脊椎動物種類最多且身體構造最為複雜完善。少數學者提出將半索動物門也置於脊索動物門下，並命名為口索動物亞門。
頭索動物
頭索動物（Cephalochordata）是脊索動物門的一個亞門。頭索動物的脊索延伸到背神經管的前方。頭索動物的咽鰓裂眾多。頭索動物一般稱為文昌魚，故又名狹心綱及文昌魚綱。因無真正的頭部，又稱為無頭類（Acrania）。如：文昌魚科的白氏文昌魚（Branchiostoma belcheri）。
被囊動物
被囊動物亞門（Tunicata），舊稱：尾索動物亞門（Urochordata），是脊索動物門的一個亞門。本綱動物脊索和背神經管僅存於幼體尾部，成體退化消失。身體表面披有一層棕褐色植物性纖維質的囊包，裡面再有一層外套膜包裹。全部是海洋動物。常見種類有各種海鞘和住囊蟲，營自由生活或固著生活。有些種類有世代交替現象。