莖（stem）通常位於地面以上，向下與根相連，向上著生枝、葉、花、果，具有支撐、輸導的功能。莖具有節與節間，節是芽葉著生的位置，依據生長位置稱為頂芽和側芽，也可依據將發育成的器官稱為：枝芽、花芽或混合芽。呈直立式支撐著整株植物，大多數都是植物的主幹，如：華山松、歐洲黑松、臺灣雲杉、臺灣鐵杉、正榕、印度橡膠樹…等，直立莖，如：蒲葵、大王椰子、竹…等。
類似莖和葉的結構早在苔蘚植物中出現，不具有維管組織屬於非維管植物，因此不能被稱為真正的莖或葉。只有葉狀結構的，稱為「葉狀體」，具有莖狀和葉狀結構的，稱為「擬莖葉體」。
現存最早擁有莖的植物是真蕨綱·松葉蕨科·瓶爾小草亞綱·松葉蕨目·松葉蕨屬的「松葉蕨」，它們沒有真正的根、葉。真正具有莖和葉最早產生於石松植物，如：石松、卷柏、台灣水韭…等。也有些植物的莖已經特化不再為主幹與著生枝葉和運輸養分的功能，稱為變態莖。變態莖屬於維管束植物的營養器官的一種，具備有支撐以及輸送或儲藏養分的功能，也有些能行光合作用。
- 喬木（tree or arbor）為具有明顯主幹的木本植物，主幹離地表相當高度後才開始分支，主要莖幹稱為樹幹外表包覆著樹皮，不同物種的樹冠具有各自特殊的形態。樹的高度 9公尺以下稱為「小喬木」、9至 18公尺稱為「中喬木」、18公尺以上稱為「大喬木」。
- 灌木（shrub or bush）為不具有明顯主幹低矮的木本植物，自低矮處就叢生或橫生枝幹。如：金雀花、刺柏、木槿、杜鵑花…等。
- 藤蔓植物：
- 匍匐莖（Stolon｜走莖）：地上莖無法直立，利用攀爬生長於地上的莖。如：甘藷、草莓、西瓜…等。
- 纏繞莖（Twining stem）：地上莖不能直立，必須纏繞於支持物上升，如：豌豆、牽牛花、蔦蘿、馬兜鈴…等。海金沙（葉柄纏繞）是一種蕨屬物種…等。
- 攀緣莖（Creeping stem）：枝芽所演化的莖生氣根必須攀附在其他的物體上纏繞生長的一種爬藤植物。如：葡萄、黃瓜、南瓜、長春藤、爬牆虎…等。
- 鈎狀莖（hook-like stem），枝芽所演化的側枝，粗短、堅硬不分枝呈鈎狀。如：鉤藤屬物種（攀莖鉤藤、鉤藤/鈎藤、臺灣鉤藤）…等。
常見的變態莖種類：
- 塊莖（Tuber）：地下莖短而肥大且具有薄壁組織，可以儲存養分的營養素·貯藏器官，如：薑、芋、藕、山藥、馬鈴薯…等。塊根（Root tuber）是變態的側根，體積較大，作為貯藏器官。如：有番薯、木薯及大麗菊…等。
- 球莖（Corm）：植物的地表下組織會膨脹成圓球型或橢圓形，節與節之間比較明顯。如：芋、海芋、荸薺、茨菰（慈菇）…等。
- 鱗莖（Bulb）：植物的地表下組織呈扁球狀，上方具較厚如鱗般的葉（鱗葉）。如：水仙、洋蔥、大蒜、韮蔥（薤）、青蔥（蔥）…等。
- 根莖（Rhizome），植物的地表下組織似根，節與節之間也非常明顯。如：山薑屬物種（生薑）、蓮科物種的根莖（蓮藕）；竹的地下莖節的芽可萌發成地下橫走的「竹鞭」。
- 針狀莖（Needle-like stem）：地上莖的枝芽可以變成堅硬的針刺狀與維管組織相連，有具保護功能。如：薔薇屬物種（玫瑰）、虎刺梅、仙人掌科物種（量天尺）、九重葛、柚子樹。
- 葉狀莖（Leafy stem）：莖具明顯的節與節間，形狀態酷似葉片，代替葉子行光合作用，而原本的葉已退化。如：曇花屬物種（曇花）、竹節蓼、天門冬屬物種（文竹）…等。
- 肉質莖（Fleshy stem）：莖皮呈綠色，能行使光合作用，有貯藏水分的功能。枝芽已退化或是呈針葉狀，適合生長於乾旱地帶。如：仙人掌科物種（量天尺）…等。
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莖的分類與變態莖
- 喬木（tree or arbor）為具有明顯主幹的木本植物，主幹離地表相當高度後才開始分支，主要莖幹稱為樹幹外表包覆著樹皮，不同物種的樹冠具有各自特殊的形態。樹的高度 9公尺以下稱為「小喬木」、9至 18公尺稱為「中喬木」、18公尺以上稱為「大喬木」。
- 灌木（shrub or bush）為不具有明顯主幹低矮的木本植物，自低矮處就叢生或橫生枝幹。如：金雀花、刺柏、木槿、杜鵑花…等。
- 藤蔓植物
- 匍匐莖（Stolon｜走莖）：地上莖無法直立，利用攀爬生長於地上的莖。如：甘藷、草莓、西瓜…等。
- 纏繞莖（Twining stem）：地上莖不能直立，必須纏繞於支持物上升，如：豌豆、牽牛花、蔦蘿、馬兜鈴…等。海金沙（葉柄纏繞）是一種蕨屬物種…等。
- 攀緣莖（Creeping stem）：枝芽所演化的莖生氣根必須攀附在其他的物體上纏繞生長的一種爬藤植物。如：葡萄、黃瓜、南瓜、長春藤、爬牆虎…等。
- 鈎狀莖（hook-like stem），枝芽所演化的側枝，粗短、堅硬不分枝呈鈎狀。如：鉤藤屬物種（攀莖鉤藤、鉤藤/鈎藤、臺灣鉤藤）…等。
常見的變態莖種類：
- 塊莖（Tuber）：地下莖短而肥大且具有薄壁組織，可以儲存養分的營養素·貯藏器官，如：薑、芋、藕、山藥、馬鈴薯…等。塊根（Root tuber）是變態的側根，體積較大，作為貯藏器官。如：有番薯、木薯及大麗菊…等。
- 球莖（Corm）：植物的地表下組織會膨脹成圓球型或橢圓形，節與節之間比較明顯。如：芋、海芋、荸薺、茨菰（慈菇）…等。
- 鱗莖（Bulb）：植物的地表下組織呈扁球狀，上方具較厚如鱗般的葉（鱗葉）。如：水仙、洋蔥、大蒜、韮蔥（薤）、青蔥（蔥）…等。
- 根莖（Rhizome），植物的地表下組織似根，節與節之間也非常明顯。如：山薑屬物種（生薑）、蓮科物種的根莖（蓮藕）；竹的地下莖節的芽可萌發成地下橫走的「竹鞭」。
- 針狀莖（Needle-like stem）：地上莖的枝芽可以變成堅硬的針刺狀與維管組織相連，有具保護功能。如：薔薇屬物種（玫瑰）、虎刺梅、仙人掌科物種（量天尺）、九重葛、柚子樹。
- 葉狀莖（Leafy stem）：莖具明顯的節與節間，形狀態酷似葉片，代替葉子行光合作用，而原本的葉已退化。如：曇花屬物種（曇花）、竹節蓼、天門冬屬物種（文竹）…等。
- 肉質莖（Fleshy stem）：莖皮呈綠色，能行使光合作用，有貯藏水分的功能。枝芽已退化或是呈針葉狀，適合生長於乾旱地帶。如：仙人掌科物種（量天尺）…等。