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脊索動物門（Chordata）為動物界的一個門，現存物種約 81’000餘種，物種多樣性僅次於節肢動物門（超過 750’000種）和軟體動物門（超過 100’000種）。脊索動物門下分頭索動物、被囊動物（昔稱：尾索動物）和脊椎動物三個亞門，已滅絕的古蟲動物有時也被劃為脊索動物的一個亞門。
頭索動物
頭索動物（Cephalochordata）是脊索動物門的一個亞門。頭索動物的脊索延伸到背神經管的前方。頭索動物的咽鰓裂眾多。
頭索動物一般稱為文昌魚，又稱：狹心綱及文昌魚綱。因無真正的頭部，又稱：無頭類（Acrania），如：文昌魚科的白氏文昌魚（Branchiostoma belcheri）。
被囊動物
被囊動物亞門（Tunicata），舊稱：尾索動物亞門（Urochordata），是脊索動物門的一個亞門。本綱動物脊索和背神經管僅存於幼體尾部，成體退化消失。身體表面披有一層棕褐色植物性纖維質的囊包，裡面再有一層外套膜包裹。全部是海洋動物。常見種類有各種海鞘和住囊蟲，營自由生活或固著生活。有些種類有世代交替現象。
