擔子菌門（Basidiomycota）為真菌界·雙核亞界的一門，超過 20’000種，具雙核體（dikaryon），可能為菌絲或單細胞生物，但都不具有鞭毛（flagellum），涵蓋：蘑菇屬（Agaricus｜傘菌目）、木耳屬（Auricularia｜木耳目）、馬勃（馬勃目）、鬼筆屬（Phallus｜鬼筆目）與靈芝屬（Ganoderma｜多孔菌目·靈芝科）…等主要食用菌；支架真菌（多孔菌目·靈芝屬的多年生·真菌，如：南方靈芝）是馬來西亞的油棕染上莖基腐病（basal stem rot）的成因之一，和人體致病酵母隱球菌屬（Cryptococcus｜銀耳目）…等。
擔子菌的亞門
傘菌亞門
傘菌亞門 （Agaricomycotina）為真菌界·雙核亞界·擔子菌門的一個亞門，擁有 3個主要的綱：
- 傘菌綱（Agaricomycetes）：17個目、100個科、1’147個屬，約 21’000個種；
- 花耳綱（Dacrymycetes）：2個目、n個科、9個屬、10個種；
- 銀耳綱 （Tremellomycetes）：5個目、n個科、n個屬、n個種。
傘菌亞門擁有超過 20’000個物種，大約 98%屬於傘菌綱部分食用菌的蕈類（mushroom、toadstool），如：傘菌綱·傘菌目（Agaricales｜磨菇目約 40科）·傘菌科（Agaricaceae｜蘑菇科 85屬）·傘菌屬（Agaricus｜蘑菇屬）的雙孢蘑菇（Agaricus bisporus）、大肥蘑菇（Agaricus bitorquis）、四孢蘑菇（Agaricus campestris）…等。
柄鏽菌亞門
柄鏽菌亞門 （Pucciniomycotina）為真菌界·雙核亞界·擔子菌門的一個亞門，擁有 9個綱、18個目、36個科：
- 傘型束梗孢菌綱 （Agaricostilbomycetes）：2個目、3個科、10個屬、47個種；
- 小紡錘菌綱 （Atractiellomycetes）：小紡錘菌目（唯一目）3個科、10個屬、34個種；
- 經典菌綱 （Classiculomycetes）：收錄中；
- 隱菌寄生菌綱 （Cryptomycocolacomycetes）：1個目、1個科 、2個單型屬（Colacosiphon與隱團菌屬｜Cryptomycocolax）；
- 囊擔子菌綱 （Cystobasidiomycetes）：3個目、3個科、3個屬；
- 微球黑粉菌綱 （Microbotryomycetes）：4個科、25個屬、208個種；
- 混合菌綱 （Mixiomycetes）：混合菌目（唯一目）、1個科、1個屬 Mixia osmundae（唯一物種）；
- 柄鏽菌綱 （Pucciniomycetes）：5個目、21個科、190個屬、8016個物種；
- 麥軸梗霉綱 （Tritirachiomycetes）：收錄中。
黑粉菌亞門
黑粉菌亞門 （Ustilaginomycotina）為真菌界·雙核亞界·擔子菌門的一個亞門，擁有：
- 根腫黑粉菌綱（Entorrhizomycetes）：唯一目唯一科（根腫黑粉菌科），物種寄生於燈心草科及莎草科植物上並形成菌癭。
- 外擔菌綱（Exobasidiomycetes）： 6個目、16個科、 20個屬、超過 100個種；
- 馬拉色菌綱（Malasseziomycetes）：1個目、1個科、2個屬（馬拉色菌屬｜Malassezia、糠疹癬菌屬｜Pityrosporum）。
- 黑粉菌綱（Ustilaginomycetes）：2個目 9個科 69個屬 超過 1049種，主要的黑粉菌（smut fungi），如：菰黑粉菌寄生於菰（Zizania latifolia｜燈心草科·筊白筍的黑斑點）已知寄生於 70個屬1400個物種。