雙核亞界（Dikarya）是真菌界 8個亞界中的一個亞界，擁有：子囊菌門和擔子菌門，兩個門一般都有雙核體（dikaryon），可能為菌絲或單細胞生物，但都不具有鞭毛（flagellum）。
子囊菌門真菌的子實體（sporocarp、fruiting body）稱為：子囊果；擔子菌門真菌的子實體（sporocarp、fruiting body）稱為：擔子果。
子實層（hymenium）為子實體的最外層組織，部分細胞可發育成擔子或子囊，並產生有性孢子。
擔子菌門
- 傘菌亞門 （Agaricomycotina）：
- 柄鏽菌亞門 （Pucciniomycotina）：
- 黑粉菌亞門 （Ustilaginomycotina）：
- 節擔菌綱 （Wallemiomycetes）：
擔子菌門（Basidiomycota）為雙核亞界的一門，超過 20’000種，涵蓋：蘑菇、木耳、馬勃，鬼筆屬（Phallus），支架真菌…等主要食用菌，和人體致病酵母隱球菌屬·種群。