真蕨亞綱（Polypodiidae）是蕨類植物門·真蕨綱（Polypodiopsida｜鏈束植物）裡的一個亞綱，涵蓋所有的「薄囊蕨類」：紫萁目、膜蕨目、裏白目 、莎草蕨目、槐葉蘋目、桫欏目、水龍骨目…等，7個目。
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紫萁目
紫萁目（Osmundales）為真蕨亞綱的一個目，只有紫萁科一科。紫萁目的葉子通常呈現叢生狀、羽毛狀的排列，繁衍用的孢子密生於葉脊。紫萁目植物都生長在湖沼溼地，株形較大，多數物種具有 8～10公分短樹；也具厚重的根莖，有茂密的堅靭根部。因根莖與樹幹相對短，常被認為是樹蕨（桫欏目）。紫萁目·紫萁科之下主要有：紫萁屬（Osmunda）、塊莖蕨屬（Todea）、薄膜蕨屬（Leptopteris）…等，6個未滅絕的屬。
膜蕨目
膜蕨目（Hymenophyllales）為真蕨亞綱的一個目，僅有膜蕨科（學名：Hymenophyllaceae）。膜蕨科涵蓋 2亞科：膜蕨亞科與毛葉蕨亞科。
裏白目
裏白目（Gleicheniales）為真蕨亞綱的一個目，涵蓋：裏白科、雙扇蕨科、馬通蕨科…等，3個科。
莎草蕨目
莎草蕨目（Schizaeales｜沙草蕨目）為真蕨亞綱的一個目，涵蓋：雙穗蕨科、鳳尾蕨科、海金沙科、莎草蕨科…等，7個科。
槐葉蘋目
槐葉蘋目（Salviniales）原為蘋目（Marsileales）為真蕨亞綱的一個目，涵蓋：蘋科（Marsileaceae｜田字草科）和槐葉頻科（Salviniaceae）。
- 蘋科（Marsileaceae｜田字草科）為多年生挺水植物或浮葉植物，莖高 5～15公分以上。蘋科植物生長在溼地、水田或人造水溝；蘋科植物的莖沿地綿延生長，葉子多呈現十字對生。孢子密生於葉子柄基。
- 槐葉頻科（Salviniaceae）涵蓋：滿江紅屬和槐葉苹屬兩個屬，總共約 有20個種。
桫欏目
桫欏目（Cyatheales｜樹蕨）為真蕨亞綱的一個目，桫欏目物種常被人稱為「蕨類植物之王」。涵蓋：傘序蕨科、瘤足蕨科、桫欏科、蚌殼蕨科…等，7個科。
水龍骨目
水龍骨目是真蕨亞綱的一個目，涵蓋 80%以上現存蕨類物種。它們分布於熱帶、亞熱帶和溫帶等地區。
水龍骨目的特徵，帶有一由莖和裂縫交織成垂直環形的孢子囊；側面或中心依附的菌裙；綠色、有梗且在地面的配子體。
- 袋囊蕨科（Saccolomataceae）、
- 碗蕨科（Dennstaedtiaceae）、
- 鳳尾蕨科（Pteridaceae）、
- 鐵角蕨科（Aspleniaceae）、
- 金星蕨科（Thelypteridaceae）、
- 岩蕨科（Woodsiaceae Herter）、
- 烏毛蕨科（Blechnaceae）、
- 球子蕨科（Onocleaceae）、
- 鱗毛蕨科（Dryopteridaceae）、
- 藤蕨科（Lomariopsidaceae）、
- 三叉蕨科（Tectariaceae）、
- 蓧蕨科（Oleandraceae）、
- 骨碎補科（Davalliaceae）、
- 水龍骨科（Polypodiaceae）、