藍菌門（Cyanophyta）為細菌域·格蘭氏陰性菌（Gram-negative bacteria）的一類族群，又稱：藍菌（學名：Cyanobacteriota，英語：cyanobacteria）、藍細菌、藍綠菌。藍菌舊稱：藍藻（blue algae）或藍綠藻（blue-green algae），擁有：藍藻綱。藍菌門物種（如：藍藻）能透過產氧光合作用將光能轉化為化學能並生產有機物（如：碳水化合物）的自營生物，不過有一些也退化，失去了光合能力只依賴異營獲取生存所需的能量。
藍藻綱
- 色球藻目（Chroococcales）：
- 擬甲色球藻目（Chroococcidiopsidales）：
- 束鞘藻目（Coleofasciculales）：
- 沙絲藻目（Desertifilales）：
- 蓋絲藻目（Geitlerinematales）：
- 戈芒藻目（Gomontiellales）：
- 細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）：
- 節線藻目（Nodosilineales）：
- 念珠藻目（Nostocales）：
- 顫藻目（Oscillatoriales）：
- 泥線菌目（Pelonematales）：
- 寬球藻目（Pleurocapsales）：
- 原綠絲藍藻目（Prochlorotrichales）：
- 假魚腥藻目 （Pseudanabaenales）：
- 螺旋藻目（Spirulinales）：
- 聚球藻菌目（Synechococcales）：
色球藻目
色球藻目（Chroococcales）是藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，物種為有害微生物銅綠微囊藻。這種藻類會出現於使水質惡化時，如：水中懸浮物高居不下、溫度上升、氧氣不足、氨氮濃度升高…等因素。
色球藻目超過 8個科 35屬 250種，絕大多數為淡水產物。
擬甲色球藻目
擬甲色球藻目（Chroococcidiopsidales）是藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，唯一科：擬甲色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）有 8個物種，如：擬甲色球藻 Chroococcidiopsis Geitler…等。
束鞘藻目
束鞘藻目（Coleofasciculales）是藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有束鞘藻科，如：束鞘藻屬（Coleofasciculus）、蓋絲藻屬（Geitlerinema）…16屬，超過 39 種。
沙絲藻目
沙絲藻目（Desertifilales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有沙絲藻屬（Desertifilum）…等，5屬 5種。
蓋絲藻目
蓋絲藻目（Geitlerinematales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，僅有蓋絲藻科·蓋絲藻屬（ Geitlerinema）約 37種，模式種為 Geitlerinema splendidum。
戈芒藻目
戈芒藻目（Gomontiellales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有管孢藻科（8屬）、藍藻科（1屬 14種）、戈芒藻科（7屬 28種）、Konicacronemataceae…等，4科
細鞘絲藻目
細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有細鞘絲藻科（超過 25屬）、新聚球藻菌科（1屬 1種）、Trichocoleaceae…3科。模式屬為細鞘絲藻屬（Leptolyngbya）；模式種為 Leptolyngbya boryana。
節線藻目
節線藻目（Nodosilineales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有 Cymatolegaceae（23屬）、節線藻科（瘦鞘絲藻屬…等，11屬，超過 50種）…2科。
念珠藻目
念珠藻目（Nostocales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有束絲藻科、眉藻科、蒴鏈藻科、團毛黏菌科、軟管藻科、節球藻科、念珠藻科、膠鬚藻科、偽枝藻科、真枝藻科、膠聚線藻科、單歧藻科等…15科。 參考物種：水華魚腥藻（Anabaena flos-aquae）。
顫藻目
顫藻目（Oscillatoriales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有博氏藻科（5屬，超過 25種）、束鞘藻科（16屬，超過 33種）、藍藻科（1屬 14種）、戈芒藻科（7屬 13種）、鬚藻科（4屬，超過 50種）、微鞘藻科（35屬）、顫藻科（47屬）、席藻科（膠鞘藻屬…等 11屬）、偽魚腥藻科（27屬 ）、裂鬚藻科（裂鬚藻屬…等 5屬 種）…等，超過 12科。
泥線菌目
泥線菌目（Pelonematales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，僅有泥線菌科，5屬 19種。
寬球藻目
寬球藻目（Pleurocapsales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，擁有水球藻科（11屬 14種）、寬球藻科、異球藻科…3科。
原綠絲藍藻目
原綠絲藍藻目（Prochlorotrichales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目。
假魚腥藻目
假魚腥藻目 （Pseudanabaenales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，唯一科假魚腥藻科 （Pseudanabaenaceae）涵蓋超過 10屬，模式屬：偽魚腥藻屬（Pseudanabaena）。
螺旋藻目
螺旋藻目（Spirulinales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，原本只有螺旋藻科（Spirulinaceae）一個科，擁有：螺旋藻屬 （Spirulina）…4屬；螺旋藻屬：大螺旋藻 （Spirulina major）…37種。
聚球藻菌目
聚球藻菌目（Synechococcales）為藍菌門·藍藻綱（Cyanophyceae）的一個目，涵蓋超過 7科；模式屬：聚球藻菌屬（Synechococcus）。
- 管孢藻科 （Chamaesiphonaceae）：
- 基附異萊包藻科 （Heteroleibleiniaceae）：
- 細鞘絲藻科 （Leptolyngbyaceae）：
- 平裂藻科 （Merismopediaceae）：
- 偽魚腥藻科 （Pseudanabaenaceae）：
- 裂須藻科 （Schizotrichaceae）：
- 聚球藻菌科 （Synechococcaceae）：