- 泉古菌門 （Crenarchaeota）、
- 廣古菌門 （Euryarchaeota）、
- 初古菌門 （Korarchaeota）、
- 納古菌門 （Nanoarchaeota）
- 奇古菌門 （Thaumarchaeota）、
- 曙古菌門 （Aigarchaeota）、
- 洛基古菌 （Lokiarchaeota）、
- 深古菌門 （Bathyarchaeota｜不存在）、
古菌域（拉丁語：archaea）是單細胞·微生物，構成生物分類的一個域，或一個界，又稱：古細菌、古生菌、太古生物、古核生物。古菌於 1970年前的分類屬於原核生物（prokaryote），它們與細菌（bacteria）有很多相似之處，但是沒有細胞核與任何其他膜狀胞器，卻有一些特徵相似於真核生物，例如：存在重複序列與核小體。
泉古菌
泉古菌門（Crenarchaeota）是古菌的一個大分支，包括很多超嗜熱生物，但在某些海洋裏的超微浮游生物中也佔有相當比例（尚未成功培養），也有腸道中分離出的種類（餐古菌目）。它們和其它古菌主要區別在於 16S rRNA的序列。從系統發育樹上看，泉古菌的分支相對較短，且非常接近古菌的基部。按照伯傑氏手冊，目前本門只分一個綱（熱變形菌綱／Thermoprotei）和四個目（未包含餐古菌）。
廣古菌
廣古菌門（Euryarchaeota）包含了古菌中的大多數種類，包括了經常能在動物腸道中發現的產甲烷菌、在極高鹽濃度下生活的鹽桿菌、一些超嗜熱的好氧和厭氧菌，也有海洋類群。
- 古球狀菌綱 （Archaeoglobi Garrity and Holt 2002）、
- 鹽桿菌綱 （Halobacteria Grant et al. 2002）、
- 甲烷桿菌綱 （Methanobacteria Boone 2002）、
- 甲烷球菌綱 （Methanococci Boone 2002）、
- 甲烷微菌綱 （Methanomicrobia）、
- Methanonatronarchaeia Sorokin et al. 2018）、
- 甲烷火菌綱 （Methanopyri Garrity and Holt 2002）、
- 熱球菌綱 （Thermococci Zillig and Reysenbach 2002）、
- 熱原體綱 （Thermoplasmata Reysenbach 2002）、
初古菌
初古菌門（Korarchaeota），名稱來自希臘語中的名詞「koros」或「kore」，意思是「年輕男子」或「年輕女子」，以及「古老的」「archaios」；中文譯為「初古菌」。初古菌門是通過 16S rRNA序列區分開的一類古菌，來源於美國·黃石公園超熱環境中的樣品。通過熒光原位雜交能夠確認它們的存在。但目前還沒有能夠成功培養的樣品，與其他生物的關係也尚未確定。它們有可能並不是一個獨立的類群，而是 16S rRNA發生了某些快速或特殊突變的種類。
納古菌
納古菌門（Nanoarchaeota），是古菌的一門，迄今只包括一個種，即由卡爾·施泰特爾於 2002年在冰島的熱泉口發現的騎行納古菌（Nanoarchaeum equitans），這是在另一種古菌：燃球菌（）上生活的專性共生菌。納古菌的細胞直徑大約 400奈米（nm），基因組只有 48萬個鹼基對，這是目前已發現的細胞生物中（病毒除外）基因組最小的生物。它的 16S rRNA序列和其它生物相差很多，不能用通常辦法檢測到。通過核糖體小亞基 rRNA的系統發生樹產生，初步將其單列爲一個門。
奇古菌門
奇古菌門 （Thaumarchaeota｜尚未收錄）
曙古菌
曙古菌門 （Aigarchaeota｜尚未收錄）
洛基古菌
洛基古菌 （Lokiarchaeota｜尚未收錄）
深古菌
深古菌門 （Bathyarchaeota｜頁面不存在）